一、RNA 提取前的准备
RNA 制备的关键是要抑制细胞中的RNA 分解和防止所用器具及试剂中的RNA 分解酶的污染。因此,在实验中必须采取以下措施:
1、戴一次性手套;
2、使用RNA 操作专用实验台;
3、在操作过程中避免讲话等。
通过以上办法可以防止实验者的汗液、唾液中的RNA 分解酶的污染。
二、使用器具
尽量使用一次性塑料器皿,若用玻璃器皿,应在使用前按下列方法进行处理: 1、用0.1%DEPC水溶液在37℃下处理12小时,2、然后在120℃下高温灭菌30min 以除去残留的DEPC ,
( RNA 实验用的器具建议专门使用,不要用于其他实验。)
三、 试剂配制
用于RNA 实验的试剂,须使用干热灭菌(180℃,60min )或使用上述方法进行
(也可以使用RNA 实验用的一次性塑料容器),DEPC 水处理灭菌后的玻璃容器盛装
使用的无菌水需用0.1%的DEPC 处理后再进行高温高压灭菌。
RNA 实验用的试剂和无菌水都应专用,避免混用后交叉污染。
四、实验操作
在研磨样品前,先把所要用到的试剂和枪头、研钵(未拆开报纸)放在超净工作台上,打开紫外灯照射20-30min 杀菌。
1. 50-100mg的普通组织样品:RNAiso Plus 1ml
2. 试验样品的研磨和匀浆
(1)将超低温冻结的RNA 提取样品称量后迅速转移至用液氮预冷的研钵中,
用研钵研磨组织,其间不断加入液氮,直至研磨成粉末状(无明显的课件颗粒,如果没有研磨彻底会影响RNA 的收率和质量)。(研磨好的样品立即加入 RNAiso Plus)
(2)对于普通的RNA 提取样品,可以向研钵中加入适量的RNAiso Plus,将研磨成粉末状的样品完全覆盖,然后室温静置,直至样品完全融化,再用研杵继续研磨至裂解液呈透明状。
(3)将匀浆液转移至离心管中,室温静置5min 。
(4)12000g 4℃离心5min 。
(5)小心吸取上清液,移入新的离心管中(切勿吸取沉淀)。
3.Total RNA 的提取
(加入RNAiso Plus 后,静置5min ,离心转移上清,避免未破碎的杂蛋白污染)
(1)向上述步骤2的匀浆裂解液中加入氯仿(RNAiso Plus 的1/5体积量),盖紧离心管盖,用手剧烈振荡15s (氯仿沸点低,易挥发,振荡时应小心离心管突然弹开)。待溶液充分乳化(无分相现象)后,再室温静置5min 。
(2)12000 g 4℃ 离心15min 。
(3)从离心机中小心取出离心管,此时匀浆液分为三层:无色的上清液、中间的白色蛋白层及带颜色的下层有机相。吸取上清液转移至另一新的离心管中(切忌吸出白色中间层)。
(4)向上清中加入等体积的异丙醇,上下颠倒离心管充分混匀后,在15-30℃下静置10min 。
(5)12000g 4 ℃ 离心10min 。一般在离心后,试管底部会出现沉淀。
4.RNA 沉淀的清洗
小心弃去上清,缓慢的沿离心管壁加入75%的乙醇(用DEPC-Water 配制),轻轻上下颠倒洗涤离心管壁,12000g 4℃离心5min 后1ml (切勿触及沉淀)
小心弃去乙醇(为了更好的控制RNA 中的盐离子含量,应尽量除净乙醇)。
5.RNA 的溶解
室温干燥沉淀2-5min (不可以离心或加热干燥,否则RNA 将会很难溶解,有关RNA 溶解可以参考Troubleshooting 中的相关说明),加入适量的Rnase-free 水溶解沉淀,必要时可以用移液抢轻轻吹打沉淀,待RNA 沉淀完全溶解后于-80℃保存。(提取的RNA 立即进行反转录,确保RNA 不降解,剩余的RNA 标记好放到旁边-80℃冰箱保存。)
PCR 扩增
1. 反转录反应
(1)在Microtube 管中配制下列混合液
Dntp Mixture(10Mm each)
Oligo Dt Primer (2.5uM)
Total RNA
Rnase Free dH2O
1ul 1ul 5ul Up to 10 ul
(2) 在PCR 仪上进行变性、退火反应。
65℃5min
4℃
(说明:变性、退火操作有利于模板RNA 的变性以及反转录引物和模板的特异性退火,可提高反转录反应效率)
(3) 离心数秒钟使模板RNA/引物等的混合液聚集于Microtube 管底中。
(4) 在上述Microtube 管中配制下列反转录反应液
上述变性、退火后的反应液
5×PrimeScript TM Buffer
Rnase Inhibitor (40U/ul)
PrimeScript TM Rtase (for 2 Step)
Rnase Free Dh2O
Total Volume
(反转录的体系做成40ul) 10ul 4ul 0.5ul 0.5ul 5ul 20ul
(5) 在PCR 仪上按下列条件进行反转录反应 42-50℃15-30min
95℃5min
4℃