过滤桶中滤材的放置绝对不是简单的堆砌和组合，必须根据各种滤材的效能和特点加以考量。一个合理的滤材配置方式，可以使过滤桶很长时间不用清洗，并且会发挥最大的过滤效能。
首先，常见的过滤桶主要有两种水流形式：
形式A：水进入过滤桶之后由上至下经过逐级过滤，再由水泵通过插入桶底的管道将“干净的水”抽出过滤桶。
形式B：水进入过滤桶之后先通过管道进入桶的底层，然后利用水泵的吸力向上“拔水”，逐级经过过滤后达到桶顶的出水口排出。
对于这两种过滤方式，强烈推荐B。这是一种最为合理的水流走向，符合“长期不清洗”的原则。目前国内大多采用这种水流形式，代表有AT、德彩、海利等等，国外则是依罕等(这是依罕首先采用的方式)。
这种方式的好处就是，大块的污物被第一层滤材过滤后，会由于重力的影响落到桶底，桶底相对来说水流平静，这些污物会在这里逐渐被细菌分解，变成碎屑、NH4\NO2，碎屑可以被系过滤棉过滤掉，NO2/NH4则再经过硝化系统的处理，变成无害的NO3。更大的好处是，这些所谓的“污物”在腐烂时会产生丰富的有机酸，有利于稳定水质，从而有益于缸内生物的生存。虽然形式A也可以做到这一点，但是与形式B相比其劣势是明显的，主要原因有2：
A)新水中很有丰富的氧气，不利于厌氧菌的生存，使得污物的分解效率降低。方式A污物存在桶的上方，受到新水的冲刷，厌氧菌几乎无法生存，方式B的桶底水流相对来说是“死水”，厌氧菌活动旺盛，有利于分解;
B)大块的污物落在第一级过滤上，并且会随着水流逐渐落到细过滤棉上，极易堵塞水路，造成水流流量下降，影响过滤系统工作效率，使得使用者不得不经常清洗。而经常清洗的结果就是严重破坏桶内的菌落分布，不利于生化过滤。并且，方式A的清洗必须将所有滤材全部拿出，而方式B通常只需要清洗上部滤材即可。
以AT3338为例
AT3338总共有3个滤材盒，从下至上的滤材设置方法如下：
A)第一层，下部铺玻璃环，上盖一层生化棉。这一层的主要作用是：粗过滤大块污物，并使其降落至桶底;利用陶瓷环和生化棉的各向同性，将水流均匀分散开，并减缓水流速度，使得下一级滤材能够充分接触水流。此处可以用吸氨石代替陶瓷环，但是要将生化棉放在底层，避免吸氨石从滤材盒的缝隙中落到桶底，失去作用。
B)第二层，下部铺生化棉，上部铺细过滤棉，细过滤棉要略微压实，大约是市售过滤棉3~4层。这一层的功能是，首先一层生化棉进一步消除水中大块颗粒，并将水流彻底分散均匀，细过滤棉过滤水中微小颗粒。
C)第三层，下部铺羊毛垫，上部摆放特殊滤材，如果不需要特殊滤材，可摆放细过滤棉、生化棉。细过滤棉不要压紧。次部分利用羊毛垫细密的特性最后过滤掉上级过滤遗漏的更小微粒，并且利用空间摆放特殊滤材，对水质进行处理。如果不需要特殊滤材，则可摆放生化滤材，尽量提高生化过滤效率。如果在此层铺细过滤棉，请一定要在细过滤棉上层再铺一层生化棉，避免细过滤棉分散后钻入水泵叶轮中，缠绕在叶轮、轴承上，导致过滤桶发生故障。
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