临床灌肠的目的有两方面：一方面是用于治疗，多采用保留灌肠，其主要适用于无严重肛周疾患、无严重直肠占位性病变及无直肠内出血倾向的便秘、慢性肠炎、慢性溃疡性结肠炎及慢性肾功能衰竭；

另一方面是用于检查，多采用清洁灌肠，主要用于纤维结肠镜检查前及胆道造影检查前作肠道清洁工作，以提高检查效果。