观察中药组织切片和中药粉末，可选择生物显微镜。

对矿物药除直接粉碎成细粉观察外，还可进行磨片观察，如对透明矿物可磨成薄片在偏光显微镜下观察；对不透明矿物可磨成光片，可选择金相显微镜观察；

另外透射电镜、扫描电镜、扫描电镜十χ射线能谱分析等也都用在药材的微观鉴别上。其中应用最多的是扫描电子显微镜。