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  • 基因组核酸和Rnase清除3.6 RNA pull- down实验常见问题

    文/ 发布于2017-11-20 浏览次数:1580

      一. 质粒转化、涂板、摇菌

      1. 取JM109感受态细菌80μl,加入1.5mlEP管中,用10μl枪头沾取质粒加入上述EP管中,混匀。

      2. 冰上静置30min。

      3. 42℃热休克90-120s。

      4. 迅速移至冰上静置2min。

      5. 在超净台内,于上述EP管中加入50μl lb培养基(Amp-),37℃,160rpm摇床,增菌0.5-1h。

      6. 菌液4,000rpm离心10min,弃大部分上清,将沉淀重悬,菌液全部加入LB平板(Amp+)上,涂布均匀,37℃倒置培养(过夜12-15h)。

      7. 将37℃培养(12-16h)平板取出,于无菌操作台中挑取单克隆放入内含5ml LB培养基(Amp+)的15ml离心管中,于37℃、250rpm摇床增菌过夜18H,看菌液是否浑浊。菌液浑浊后进行质粒中提。

      二. 质粒中提(TIANgen,DP107-02)

      1. 柱平衡:向吸附柱CP3中(吸附柱放入收集管中)加入500μl的平衡液BL,12,000rpm离心1min,尽量吸除上清。

      2. 取1.5ml过夜培养的菌液,加入离心管中,使用常规台式离心机,12,000rpm离心1min,尽量吸除上清。

      3. 向留有菌体沉淀的离心管中加入250μl溶液P1使用移液器彻底细菌沉淀。

      4. 向离心管中加入250μl溶液P2,温和的上下翻转6-8次使菌体充分裂解。

      5. 向离心管中加入350μl溶液P3,立即温和的上下翻转6-8次,充分混匀,此时将出现白色絮状沉淀,12,000rpm,离心10min,此时在离心管底部形成沉淀。

      6. 将上一步收集的上清液用移液器转移到吸附柱CP3中, 12,000rpm,离心30-60sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CP3放入收集管中。

      7. 向吸附柱CP3中加入500μl去蛋白液PD,12,000rpm离心,离心30-60sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CP3重新放回收集管中。

      8. 向吸附柱CP3中加入600μl去蛋白液PW,12,000rpm离心,离心30-60sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CP3重新放回收集管中。重复一次。

      9. 将吸附柱CP3重新放回收集管中,12000rpm离心2min。

      10. 将吸附柱CP3置于一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位滴加50μl洗脱缓冲液EB,室温放置2min,12,000rpm离心2min,将质粒溶液收集到离心管中,放冰盒,测浓度。

      三. 质粒线性化:

      本实验使用的酶为Biolabs的重组酶KpnⅠ。

      酶切后进行跑胶。

      四. 琼脂糖凝胶电泳

      1. 配胶。成分:琼脂糖粉、TBE、ⅠH2O,少量EB。

      2. TBE与H2O混合加入放好琼脂糖粉的锥形瓶中,摇匀,放入微波炉加热1-2min。

      3. 滴加少量EB,于锥形瓶中摇匀。

      4. 倒入胶板中,插入梳子,待琼脂糖凝固。

      5. 小心拔掉梳子,取10μl样品加入1μl 的10×Loading Buffer缓缓加入点样孔,并在最右边的点样孔加5μlDNA maker。

      6. 接通电源。

      7. 电泳完毕,关闭电源。从胶模中取出琼脂糖凝胶,于紫外灯下切下目的条带。

      五. 胶回收(TIANGEN,DP214-02)

      1.向吸附柱CB2中加入500μl平衡液BL,12,000rpm离心1min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。

      2. 将单一的目的DNA条带从琼脂糖凝胶中切下放入干净的离心管中,称取重量。

      3. 向胶块中加入等倍体积溶液PC,50℃水浴放置10min左右,其间不断的上下翻转离心管,以确保胶块充分溶解。

      4. 将上一步所得溶液加入一个吸附柱CB2中12,000rpm离心1min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB2放入收集管中。

      5. 向吸附柱CB2中加入600μl漂洗液PW,12,000rpm离心1min,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB2放入收集管中。

      6. 重复操作步骤⑤。

      7. 将吸附柱CB2放入收集管中,12,000rpm离心2min,尽量除去漂洗液。将吸附柱置于室温放置数分钟,彻底晾干。

      8. 将吸附柱CB2放入一个干净的离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加适量的洗脱缓冲液EB,室温放置2min,12,000rpm离心2min,收集DNA溶液。

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